總后勤部授予的《圍巾廠家會計核算管理辦法》規(guī)定，全力推動醫(yī)院成本計算體制改革，改進醫(yī)院會計運作體系，提高醫(yī)院會計運作高效率。圍巾廠家財務(wù)核算學(xué)科、工作流程的轉(zhuǎn)變必然危害醫(yī)院財務(wù)會計信息系統(tǒng)每個構(gòu)成因素，為考慮醫(yī)院財務(wù)部對財務(wù)會計信息系統(tǒng)內(nèi)部控制的特別要求，對財務(wù)核算內(nèi)部控制總體目標、控制層級、控制步驟、控制對策開展整理和討論變成財務(wù)核算改革創(chuàng)新全過程中極其重要的基本性階段。

圍巾廠家財務(wù)會計信息系統(tǒng)內(nèi)部控制總體目標，應(yīng)依據(jù)醫(yī)院診療、科學(xué)研究、課堂教學(xué)等主題活動的特性和管理方法規(guī)定開展提煉出，實際包含下列三個層面：一是合理合法總體目標，嚴苛貫徹落實國家、部隊有關(guān)法律法規(guī)。二是可信性總體目標，內(nèi)部控制規(guī)章制度科學(xué)規(guī)范、財務(wù)會計信息真正靠譜、財產(chǎn)安全性詳細、診療業(yè)務(wù)流程主題活動井然有序運作。三是高效率性總體目標，財務(wù)會計信息立即有效、經(jīng)濟收益平穩(wěn)提升、管理方法主題活動高效率。

系統(tǒng)軟件宏觀經(jīng)濟控制醫(yī)院明確提出系統(tǒng)軟件運作總體目標，從宏觀經(jīng)濟視角指出網(wǎng)絡(luò)空間下醫(yī)院財務(wù)會計信息系統(tǒng)內(nèi)部控制的戰(zhàn)略方針、現(xiàn)行政策和基本要素。

系統(tǒng)軟件觀行控制醫(yī)院財務(wù)部承擔(dān)貫徹落實醫(yī)院相關(guān)財務(wù)會計信息系統(tǒng)的內(nèi)部控制戰(zhàn)略方針、現(xiàn)行政策和標準，并對平時財務(wù)會計信息系統(tǒng)運作開展統(tǒng)籌管理。控制系統(tǒng)設(shè)計控制醫(yī)院信息維護保養(yǎng)單位依據(jù)醫(yī)院具體情況沒計系統(tǒng)軟件整體方案，對程序運行的詳盡沒計和文本文檔編制管理開展控制。

軟件開發(fā)控制醫(yī)院信息維護保養(yǎng)單位對實際運用程序?qū)嵤┛刂疲瑢ω攧?wù)會計信息系統(tǒng)計算機語言的最開始品質(zhì)開展嚴格把關(guān)。數(shù)據(jù)庫管理控制醫(yī)院財務(wù)部對財務(wù)報表和軟件系統(tǒng)檔案文件開展統(tǒng)一控制，確保財務(wù)會計信息真正靠譜，避免徇私舞弊個人行為產(chǎn)生。平時運用控制醫(yī)院信息維護保養(yǎng)單位對應(yīng)用系統(tǒng)、電子計算機工作流程和硬件配置設(shè)備維護管理等控制，圍巾廠家另外還必須系統(tǒng)對實際操作工作人員開展監(jiān)管，避免出現(xiàn)濫用權(quán)力實際操作。